I ribelli compiono continue scorribande nei villaggi, bruciando case, massacrando civili e sequestrando bambini, che diventano a loro volta miliziani coatti. Le offensive condotte dall'esercito tra la fine del 2004 e il 2005 e l'arresto di alcuni dei più importanti capi ribelli hanno però indebolito notevolmente l'Lra. Inoltre, la pace siglata in Sudan tra governo centrale e guerriglieri del Spla (Sudan People's Liberation Army) ha portato le autorità di Khartoum a interrompere le forniture e il sostegno ai ribelli ugandesi. Il momento difficile che vive il Lra è testimoniato anche dalla riduzione dei raid contro i civili. Si stima che i ribelli possano contare al momento su poche centinaia di uomini, 300 dei quali sono sconfinati in Congo nell'ottobre 2005 per sfuggire agli attacchi dell'esercito ugandese. 

Le trattative di pace sono riprese a luglio 2006, in conseguenza degli sforzi di mediazione sudanesi. Il governo ugandese ha offerto un'amnistia al leader ribelle Joseph Kony per favorire il raggiungimento di un accordo, ma al momento Kony non sembra intenzionato a recarsi a Juba, nel Sudan meridionale, per incontrare la delegazione governativa. A complicare le trattative ci sono anche i mandati di cattura spiccati dalla Corte Penale Internazionale dell'Aja contro quattro alti ufficiali dei ribelli, Kony compreso. Il Lra chiede che i procedimenti giudiziari vengano bloccati, ma il governo ugandese non ha l'autorità per garantirlo. In queste condizioni non è chiaro se le trattative avranno un esito positivo, anche perchè in passato i ribelli hanno più volte sfruttato le tregue per rinserrare i ranghi e riprendere con maggior vigore la lotta armata.