Durante il "Processo di riorganizzazione nazionale" soltanto cinque degli ottanta prelati che facevano parte dell'episcopato argentino protestarono pubblicamente per la violazione dei diritti umani in atto: questo semplice dato rivela che anche il clero, come la società stessa, era profondamente diviso durante il periodo della dittatura. Da una parte coloro che appoggiarono i militari, dall'altra coloro che invece manifestarono il loro disaccordo e questa divisione non si manifestò solo sul piano ideologico. Lo dimostra il fatto che numerose furono le vittime anche tra i prelati: monsignor Enrique Angelelli, vescovo di La Rioja, morì in un presunto incidente automobilistico mentre stava indagando sulla morte di due sacerdoti. Anni dopo Monsignor De Nevares, vescovo di Neuquén, denunciò che in realtà Angelelli era stato ucciso a colpi di calcio di fucile sulla nuca. L’11 luglio 1977 anche Carlos de Ponce de León, vescovo di San Nicolás, morì in un incidente automobilistico mentre era diretto a Buenos Aires allo scopo di portare alla Nunziatura Apostolica la documentazione relativa alla repressione illegale nella sua città. Il caso che non lascia però dubbi su come la repressione abbia interessato anche il clero argentino fu l’uccisione di tre sacerdoti e due seminaristi dell’ordine dei Pallottini che facevano opera di carità nelle baraccopoli. Vennero crivellati di colpi il 14 luglio 1976 nella chiesa di San Patricio a Buenos Aires. Sulle pareti fu scritto: "Per aver avvelenato le innocenti menti dei nostri ragazzi".

L'altra sponda. Ci fu anche una parte del clero dichiaratamente schierato dalla parte della Junta, tra questi soprattutto Juan Carlos Aramburu, arcivescovo di Buenos Aires e Raúl Primatesta, arcivescovo di Cordóba, oltre che monsignor Tortolo, l'allora presidente della conferenza episcopale. Quest'ultimo arrivò a sostenere con argomenti medievali la legittimità della tortura, oltre a questi tennero comportamenti analoghi i vescovi Di Stefano, Plaza, Graselli e Medina. Per molti comunque l'appoggio non si limitò ad essere puramente ideologico.
Molti sacerdoti sono infatti stati diffusamente menzionati dai prigionieri dei campi di prigionia. Erano soliti assistere alle torture, confessare torturatori ed assassini rassicurandoli che "Dio stava dalla loro parte, dato che stavano salvando il Cristianesimo". Il caso più famoso e quello di Christian Von Wernich citato da centinaia di testimoni.

Anche gli stranieri. La parte rivestita dal clero fu molto importante in quel periodo, anche quella ricoperta dai non argentini: Pio Laghi, nunzio apostolico nell'Argentina dei desaparecidos era intimo amico di Emilio Massera, uno dei membri più influenti della giunta militare che comandava il più importante di quei campi di concentramento disseminati in tutto il paese sudamericano: l'Esma dove trovarono la morte quasi 5mila persone. La loro amicizia fu segnata dalle tristemente celebri partite a tennis. Dal canto suo Pio Laghi ha dichiarato anni fa ad un quotidiano argentino di "non sapere cosa stesse accadendo" nel paese in quell'epoca. Fece invece scoppiare uno scandalo internazionale il caso delle religiose francesi Alice Doumont e Leonie Duquet, due suore che erano solite accompagnare un gruppo di parenti di desaparecidos chi si riuniva nella chiesa di Santa Cruz. Furono viste in un campo clandestino l’ultima volta. Il loro caso permise la prima condanna penale da parte di un paese estero.
I dati ufficiali parlano di centoventicinque sacerdoti "inghiottiti", dalla macchina della repressione dei militari. Ben lungi quindi dal colpire solo chi appartenesse a gruppi guerriglieri, il fenomeno della desaparición interessò tutta la società.