Le autorità indonesiane hanno arrestato 463 presunti terroristi dopo i tragici avvenimenti di Bali nel 2002. Secondo un rapporto inviato dal governo al parlamento, già 360 degli arrestati sarebbero sotto processo o già condannati.

Negli attentati di Bali morirono 202 persone e da allora le autorità di Giakarta si sono attivate alla ricerca dei presunti terroristi. Tra i condannati, a tre è toccata la pena massima: Amrozi, Mukhlas e Imam Samudra hanno pagato con la vita a novembre, in quanto accusati della strage di Bali. I tre erano membri di Jemaah Islamiyah, organizzazione che mira all'unificazione del sudest asiatico in un califfato. Iwan Darmawan Mutho e Achmad Hasan attendono il boia per l'attentato all'ambasciata australiana del 2004. Le leggi anti-terrorismo varate dopo Bali hanno permesso un elevato numero di arresti, oltre a una maggior cooperazione giudiziaria e poliziesca con Australia e Usa, che insieme all'Indonesia diedero vita al ‘Densus 88', reparto speciale antiterrorismo della polizia di Giakarta. Jemaah Islamiyah soffre attualmente di una crisi interna causata dalla transizione di diversi esponenti del partito verso posizioni più morbide. L'ultimo attacco in Indonesia risale al 2005 ma l'Australian Strategic Policy Institute, un think-tank associato col governo di Camberra, invita a non abbassare la guardia.