Quando la polizia si è presentata per portarlo via, Zupljanin era armato, ma non ha opposto resistenza e si è consegnato agli agenti. Ai tempi della guerra in ex Jugoslavia, ha ricoperto il ruolo di comandante del Centro dei Servizi di Sicurezza a Banja Luka, la città più grande della Bosnia. I capi di imputazione, resi pubblici nel luglio 2001, lo accusano di genocidio, crimini di guerra, tortura, omicidi, crimini contro l'umanità, maltrattamenti e deportazione di 10.000 tra musulmani e croati.
I funzionari della Corte hanno fatto sapere che Zupljianin era sfuggito per ben due volte all'arresto negli ultimi due mesi: una prima volta, il 27 marzo, a Nis, quando la polizia fece irruzione in un appartamento che si riteneva appartenere a lui e, una seconda volta, l'11 aprile quando le forze Nato lo hanno cercato a Banja Luka. Recentemente, un alto funzionario dei servizi segreti bosniaci, Pedrag Ceranic, è stato rimosso dalla posizione che occupava perché sospettato di avere legami con Zupljanin. Per il suo arresto era stata posta una taglia di 250.000 euro. 
Jesna Sarcevic-Jankovic, rappresentante della Corte in Serbia ha confermato l'arresto: "Zupljian è attualmente a disposizione del magistrato che sta provvedendo a interrogarlo. Presumibilmente, entro le prossime 72 ore, sarà trasferito all'Aja a disposizione della Corte. Le autorità serbe hanno affermato di essere orgogliose dell'operazione perché "ciò dimostra che la Serbia sta facendo tutto il possibile per collaborare con il Tribunale Internazionale".